Ngày 21/03/2016, Tổng Cục thuế đã ban hành Công văn số 1175/TCT-KK trả lời về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp thanh toán qua ngân hàng mà phía nhà cung cấp chưa đăng ký tài khoản với cơ quan thuế quản lý.
Theo đó, trường hợp Công ty mua hàng hóa của bên cung cấp, có chứng từ thanh toán qua ngân hàng từ tài khoản của Công ty đã đăng ký với cơ quan thuế quản lý trực tiếp Công ty sang tài khoản bên cung cấp không đăng ký với cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp thì chứng từ không đủ điều kiện để Công ty kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp bên cung cấp đăng ký hoặc thông báo tài khoản thanh toán với cơ quan thuế chậm so với thời gian quy định nhưng trước thời điểm cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của Công ty thì tại thời điểm bên cung cấp đăng ký/ thông báo tài khoản thanh toán với cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp, chứng từ thanh toán qua ngân hàng được coi là đủ điều kiện về tài khoản để Công ty kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Nội dung trả lời tại Công văn 1175/TCT-KK có khác biệt so với Công văn 3017/TCT-KK ngày 27/07/2015 do Tổng Cục thuế đã trả lời trước đây. Theo Công văn 3017/TCT-KK, doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp cả bên mua và bên bán đều không thực hiện đăng ký tài khoản với cơ quan thuế quản lý.
Để tránh các rủi ro về thuế vì hiệu lực của văn bản ban hành sau, Quý khách hàng cần rà soát lại danh sách các nhà cung cấp, yêu cầu cung cấp thông tin về đăng ký tài khoản với cơ quan thuế quản lý. Trường hợp nhà cung cấp chưa thực hiện đăng ký, Quý khách hàng cần đề nghị đăng ký bổ sung để tránh rủi ro về thuế như nội dung trả lời tại Công văn 1175/TCT-KK.